D. João III, rei de Portugal resolveu criar o Governo-Geral no Brasil no ano de 1549. Em função do desempenho insatisfatório do sistema de Capitanias Hereditárias, que era uma forma de centralizar o poder na colônia e acabar com a desorganização administrativa.Os três governadores gerais do Brasil que mais se destacaram foram Tomé de Souza, Duarte da Costa e Mem de Sá.
Logo após o fracasso das capitanias hereditárias, o governo português criou novas estruturas com o objetivo de ajustar a colonização do Brasil. Primeiramente, a intenção não era acabar com as capitanias, mas sim, deixar a colônia política e economicamente centralizada. Sendo que a função principal do governador-geral era coordenar a colonização fortalecendo as capitanias contra as resistências indígenas, além de fiscalizar as capitanias e apoiar a cultura de cana-de-açúcar.
Tomé de Sousa foi escolhido o primeiro governador geral do Brasil, chegando em 29 de março de 1549, juntamente com soldados, colonos, trazendo materiais para a construção da primeira cidade.
O mesmo fundou a cidade de Salvador em 1549, sendo o centro do governo a primeira capital do Brasil. Além disso, ele proporcionou o grande desenvolvimento da agricultura e pecuária. Pensando nas possibilidades reais de invasões de piratas estrangeiros e na manutenção do domínio português, o governador-geral distribuiu armas e munições aos colonos e construiu várias fortalezas em áreas estratégicas